Manakov was gezagvoerder van de Sojoez TM-10 die op 1 augustus 1990 naar het Russische ruimtestation Mir vertrok, in gezelschap van de Russische vluchtingenieur Gennadi Strekalov. Het was de tiende expeditie naar de Mir. Beiden keerden op 10 december 1990 met dezelfde Sojoez naar de aarde terug. Ze hadden een extra-gezel in de persoon van de Japanner Toyohiro Akyiama, de eerste journalist in de ruimte. De missie van Manakov en Strekalov heeft 130 dagen 20 uur 35 minuten 51 seconden geduurd. Op 24 januari 1993 vertrok Manakov met de Sojoez TM-18 opnieuw naar de Mir, met als vluchtingenieur Aleksandr Polestsjoek. Bij de de terugkeer vergezelde de Fransman Jean-Pierre Haigneré hen. Die missie heeft 179 dagen 43 minuten en 45 seconden geduurd. In 1996 ging hij met pensioen als kosmonaut. Manakov ontving meerdere titels en onderscheidingen zoals "Held van de Sovjet-Unie". (Belga)