Het gerechtelijk onderzoek startte in februari 2014 met huiszoekingen bij Hubert thuis in Sint-Genesius-Rode en in het Brusselse kantoor van zijn International Polar Foundation (IPF). De Brusselse onderzoeksrechter Michel Claise was op de zaak gezet nadat de topman van de federale dienst Wetenschapsbeleid een klacht had ingediend voor mogelijk onrechtmatig gebruik van de overheidsgelden die bestemd waren voor het wetenschappelijke Zuidpoolstation Prinses Elisabeth. Hubert en zijn stichting baten de poolbasis al ruim tien jaar uit.

De speurders onderzochten of Hubert zich schuldig had gemaakt aan belangenvermenging en belastingfraude. Er waren aanwijzingen dat behoorlijk wat geld was gefactureerd aan een vzw en vennootschappen die in handen waren van Hubert en zijn vrouw, die nog altijd ondervoorzitter is van het IPF. In september 2017 vielen de speurders zelfs binnen op het kabinet van toenmalig staatssecretaris voor Wetenschapsbeleid Zuhal Demir (N-VA). De onderzoeksrechter had het niet gemunt op Demir, maar wilde de documenten te pakken krijgen over een dading die Demir dat jaar met Hubert had gesloten.

Nu is het gerechtelijk onderzoek afgesloten en heeft het parket beslist Hubert te vervolgen, vernam De Tijd uit goede bron. De Brusselse raadkamer zal oordelen of de poolreiziger op de beklaagdenbank moet plaatsnemen of niet. In januari zou de raadkamer zich een eerste keer buigen over de zaak. Hubert was niet bereikbaar voor commentaar en ook bij het IPF nam iemand de telefoon op, schrijft De Tijd.