Een kwart van alle kankers die in verband worden gebracht met het HP-virus komen bij jongens en mannen voor. Het gaat vooral om keelkanker, maar ook om peniskanker en anale kanker. Daarnaast komen genitale wratten even vaak bij meisjes als bij jongens voor. Anders dan voor meisjes bestaat er voor jongens geen systematische screening en is vaccinatie een belangrijke mogelijkheid om hen optimaal te beschermen tegen HPV-gerelateerde ziekten. Sinds september 2019 worden ook jongens van het eerste jaar secundair onderwijs in Vlaanderen en het tweede jaar in Wallonië gratis gevaccineerd met het HPV-vaccin.