Microbiologen ontrafelen de ecosystemen van bacteriën in darmen en tandplak.

Het ontrafelen van een ecosysteem vergt inzicht in het gedrag van alle elementen ervan. Voor microbengemeenschappen is dat niet anders. In onze darmen leven duizenden verschillende types bacteriën, die al dan niet met elkaar interageren. Probleem is dat ze er oppervlakkig hetzelfde uitzien, zodat ze onder een microscoop niet van elkaar onderscheiden kunnen worden.

De Vlaamse microbioloog Iwijn De Vlaminck bedacht een nieuwe techniek om het voorkomen en de verspreiding van een duizendtal microbentypes in een staal in één beweging te analyseren – tot voor kort kon dat voor maximaal een honderdtal types. De aanpak, meldt Nature, steunt op een combinatie van DNA-analyse, fluorescentietechnieken en machinelearning.

De onderzoekers brachten hun techniek al in de praktijk. Ze bestudeerden er de stabiliteit van ruimtelijke interacties tussen microben in tandplak mee, en in de darm van muizen. Ze konden aantonen dat het toedienen van antibiotica een sterke invloed heeft op de relaties tussen verschillende belangrijke darmbacteriën. Dat is geen goed nieuws.

In Cell tonen andere onderzoekers aan dat bepaalde darmbacteriën een molecule afscheiden die, alvast in muizen, signaalcellen uit het afweersysteem mobiliseert om virussen aan te vallen. Zo kunnen darmbacteriën de afweer tegen een virale invasie in gang zetten nog voor een lichaam zich van het probleem bewust is.